Az Omega-3 zsírsavak elsősorban a gyógyulási folyamat felgyorsításában játszanak szerepet. A gyulladás a szervezet védekező mechanizmusainak fontos eleme, a gyógyulás természetes velejárója, ami az immunrendszert cselekvésre ösztönzi. Néha azonban a hosszú ideig fennálló gyulladás a gyógyítás helyett egészségügyi problémává válik – például amikor a fehérvérsejtek az eredeti probléma elmúlása után is még sokáig aktívak maradnak, vagy ha az immunrendszer olyan teljesen ártalmatlan anyagokra, mint a parlagfű pollen vagy a macskaszőr, szintén túlzottan reagál.
Manapság már tudjuk, hogy az Omega-3 tartalmú halolajak „rendet tehetnek az ilyen túlpörgött immunrendszerben” is. Ugyanis nemcsak erős, hanem „okos” immunrendszerre van szükségünk. Dr. Simopoulos szerint sok probléma hátterében „hiperaktív vagy félrevezetett, nem pedig túl lassú immunrendszer húzódik”. Az „okos” védelmi rendszer tudja, hogy mikor és mit támadjon meg, illetve hogy mikor vonuljon vissza. Ha étrendünk túl sok Omega-6 olajat tartalmaz, „szervezetünk sok olyan anyag termelését felgyorsítja, amelyek lázat, fájdalmat, túlérzékenységet és duzzanatokat okozhatnak”. Sok kitartó gyulladás esetében például fontos szerepet játszanak az úgy nevezett B4 leukotrinek (LTB4), amik szaporodását az Omega-3 zsírsavak meg tudják akadályozni.
Az Omega-3 zsírsavak ezen kívül egy olyan fehérjefajta, az interleukin-1 túltermelődését is meggátolják, amely normális mennyiségben a jól működő immunrendszer része. Több kísérlet is kimutatta, hogy az Omega-3 halolajak nagymértékben csökkentette az interleukin-1 mennyiségét. Az Omega-3 zsírsavaknak további fizikai előnyei is vannak, az izomnövekedést elősegítő hatástól kezdve az izmok glikogéntárolásának elősegítésén keresztül az erőnövelő hatásig. Emellett azonnali változást képesek előidézni a zsírégető képességedben.